فرهاد عرفانی در سال ۱۳۹۶ به دلیل اتهامات ذکر شده بازداشت و روانه زندان اوین شد، اما از آنجایی که شکایت مستقیم معاون دادستان مشهد از او بر مبنای محتویات کتاب هایش بوده ، به این شهر فرستاده شد تا محاکمه شود.
پس از دو ماه بازداشت، بازپرس پرونده برای او قرار وثیقه ۵۰۰ میلیون تومانی تا زمان صدوررای نهایی صادر کرده اما پس از مدتی مبلغ وثیقه به ۶۰۰ میلیون تومان افزایش یافت. بااین‌حال، پس از ثبت قرار وثیقه معاون دادستان به خانواده او اعلام کرده که نظرش تغییر کرده و به دلیل امنیتی بودن پرونده بهتر است وی تا پایان دوران محاکمه‌اش در زندان بماند.
وی در بهار ۱۳۹۷ در شعبه چهارم دادگاه انقلاب مشهد محاکمه و به پنج سال حبس و ۷۴ ضربه شلاق محکوم شد. این حکم در شعبه ۳۵ دادگاه تجدیدنظر به ۳۶ ماه (سه سال حبس) تغییر یافت اما حکم شلاق او عینا تایید شد. بیشترین اتهام او توهین به مقدسات است که در دادگاه بدوی برای آن به پنج سال حبس محکوم شده بود.
یکی از هم بندان سابق این نویسنده گفته است: «فرهاد را تهدید کرده بودند که اگر اتهاماتش را نپذیرد خانواده‌اش در سوئد در معرض خطر قرار می‌گیرند. فرهاد یک دختر جوان در سوئد دارد. حتی به او گفته‌اند که نباید خانواده‌اش درباره او اطلاع‌رسانی کنند و به همین دلیل تا مدت‌ها هیچ خبری از بازداشت او منتشر نشد. »
او در ادامه با اشاره به اینکه فرهاد عرفانی در زندان وکیل‌آباد دوران سختی را داشته، گفت: «به دلیل شرکت نکردن در نماز جماعت زندان و تشویق بقیه زندانیان به شرکت نکردن او را از بند پنج به بند ۱۰۴ این زندان منتقل کردند که به‌شدت وضعیت نامناسبی دارد. این بند بسیار کوچک است و مملو از زندانی است. او تا مدتی جلوی سرویس بهداشتی می‌خوابیده و مدتی هم در راه‌پله‌ها. درواقع یک پاکت سیگار به زندانی می‌فروخته تا برایش در راه‌پله جای خواب باز کند. خوشبختانه پس از مدتی به بند چهارم زندان منتقل شد اما پس از برگشت وضعیت جسمی و روحی بسیار بدی داشت.»
فرهاد حتی قادر به تماس تلفنی با همسرش نیست. حفاظت زندان به او گفته تماست با خارج از کشور باید با حضور ما باشد. ایشان هم موافقت نکرده است. او هیچ‌کس را ندارد که دنبال کارهایش باشد، به‌شدت شکسته، پیر و رنجور شده است.»
گفتنی است، فرهاد عرفانی کتاب‌های مانند « از نگاه خیس تا بوسه های تلخ» و « شکوفه های بینالود» را نوشته و این کتابها را به شکل آنلاین منتشر کرده است.